В период создания Астраханского заповедника (1919 г.) северная часть территории Астраханской губернии с г. Богдо и оз. Баскунчак была отторгнута.

В начале 80-х годов ХХ в. было запланировано увеличение площади Астраханского заповедника за счет образования степного участка Богдинский (площадь 20 тыс. га). Но только в 1994 г. начато его проектирование.

Все организационные работы и научное руководство выполнял комитет экологии и природных ресурсов Астраханской области. На начальных этапах работы в организации обследования Богдинско-Баскунчакского природного комплекса принимало участие Астраханское отделение Географического общества СССР.

Физико-географическое положение. Заповедник Богдинско-Баскунчакский расположен в западной части Прикаспийской низменности на левобережье Волги.

Территория представляет собой всхолмленную равнину с общим наклоном поверхности к котловине озера Баскунчак.

Рельеф территории формировался отложениями пермской, триасовой, меловой, палеогеновой, неогеновой и четвертичной систем.

Наиболее крупным элементом орографии не только заповедника, но и всего Нижнего Поволжья является гора Большое Богдо. Она расположена на южном берегу самосадочного соленого озера Баскунчак и возвышается над его уровнем на 152,5 м. Гора Богдо – единственное место в пределах европейской части России с выходами нижнетриасовых известняков, содержащих типичную морскую фауну.

Породы, слагающие гору Богдо, имеют явное понижение к западу – юго-западу с крутыми обрывами на восточной стороне.

В окрестностях озера Баскунчак и горы Большое Богдо преобладают светло-каштановые суглинистые почвы, образовавшиеся из супеси верхнехвалынского возраста в результате химического и химико-биологического выветривания. Мощность почвенного покрова на большей территории постоянна и не превышает 8-10 см, лишь в карстовых провалах доходит до 20 см.

Гидрографическая сеть развита слабо. В пределах территории заповедника находится несколько пресных и в разной степени минерализованных водоемов. Расположенные северо-восточнее озера Баскунчак озера Карасун, Горькое и Горькая речка питаются ключами и имеют естественное происхождение.

На южном берегу озера Баскунчак в Кордонной балке расположен каскад прудов. Кроме этого, в ряде пещер и карстовых воронок также имеются различные по величине и минерализации источники, питающиеся за счет родников, талых и дождевых вод.

Растительный мир. На территории выявлено около 400 видов высших сосудистых растений, относящихся к 41 семейству. Флора низших растений также богата и разнообразна. Только лишайников насчитывается более 60 видов.

Большая часть территории занята злаково-полынными сообществами, в составе которых принимают участие пырей сибирский, пырей гребенчатый, полынь белая, тысячелистник мелкоцветковый и др. ксерофиты.

По понижениям, на склонах балок и карстовых воронок развивается своеобразная растительность с лапчаткой двувильчатой, видами тимьянов, зопниками, шалфеем.

Характерной особенностью территории заповедника является сильная засоленность почв, на которых формируются растительные комплексы пустынного типа, занимающие довольно обширные пространства. В сочетании со степными участками они образуют солонцово-степные комплексы. Вдоль соленых источников и речек, вокруг озера Баскунчак произрастают галофиты – растения, приспособившиеся к жизни на сильнозасоленных почвах: селитрянка Шобера, сарсазан шишковатый, солерос и другие виды. Эти растения формируют сочно-солянковую пустыню на солончаках.

Особенно красива степь в конце апреля – начале мая, в период цветения тюльпанов (их в заповеднике три вида – Шренка, Бибирштейна и двуцветковый). В засушливые годы тюльпаны очень мелкие и едва выглядывают из земли.

На верхнепермских пестроцветах чаще всего можно встретить один из самых редких видов флоры Нижнего Поволжья – козлобородник окаймленнолистный. Как и все представители семейства Сложноцветных, козлобородник имеет соцветие – корзинку, но не желтого, а розово-лилового цвета, произрастает это растение только на горе Богдо, а также в Казахстане и в Средней Азии.

Вся равнина урочища Шар-булак занята сообществами ревеня татарского. В пределах российской территории он вообще нигде больше не встречается.

По склонам горы Богдо между редкими дернинами растений на коричневой глине выделяются пятна наземных лишайников – зеленовато-желтых (акароспоры), красновато-оранжевых (псоры) и сизовато-серых (диплошистеса); повсюду видны комочки колоний древнейшего наземного фотосинтезирующего организма – сине-зеленой бактерии ностока. Поверхность скал и камней покрыта накипными лишайниками, образующими довольно пестрые по расцветке группировки.

Прямо на обрывах и микротеррасах произрастают многие редкие виды: козенец клубненосный, лук индерский, спаржа персидская, риндера четырехщитковая, другие засухоустойчивые виды.

Вокруг пресных источников (оз. Карасун, оз. Кордон) сформировалась мезофитная растительность с тростником южным, пыреем ползучим, ситнягом и другими влаголюбивыми видами.

В заповеднике сохранилось немало мест с искусственными древесными насаждениями – Суриковская балка, Кордонская балка, оз. Карасун, где высажены акация желтая, вяз, тополь, плодовые деревья.

Самым большим лесным массивом в районе является лесопосадка «Зеленый сад», бывший участок богдинской НИАГЛОС им. Орлова. На территории 1998 га высажены лесные полосы, состоящие из тополя, дуба, вяза, акации, лоха, облепихи, аморфы, сосны и др. видов древесных растений.

Животный мир. Животный мир Богдо и окрестностей чрезвычайно интересен. С одной стороны, здесь обитают виды, характерные для полупустынь и северных пустынь: журавль-красавка, еж ушастый, корсак, полоз желтобрюхий, полоз узорчатый, полоз четырехполосый, суслик малый, тушканчик малый, хомячок Эверсмана и другие позвоночные животные. С другой стороны, тут обнаружены такие редкие виды, как степной орел, беркут, щитомордник, геккончик пискливый и другие.

В заповеднике предположительно обитает 48 видов млекопитающих 6 отрядов.

Фауна насекомоядных млекопитающих представлена 4 видами: ушастым ежом, обыкновенным ежом, малой и белобрюхой белозубками.

Отряд Грызунов насчитывает 18 видов. Из сусликов преобладает малый, живет чаще всего колониями.

Характерным для заповедника видом является обыкновенная слепушонка. Отряд Зайцеобразных представлен зайцем-русаком. Он широко распространен по всей территории заповедника.

Отряд Рукокрылых практически не изучен. Предположительно в заповеднике можно встретить 9 видов летучих мышей.

Фауна хищных млекопитающих представлена 10 видами. Хищные животные, благодаря высокой численности грызунов в заповеднике, имеют хорошие условия существования. Среди них чаще всего встречаются обыкновенная лисица и корсак, обычен волк – самый крупный наземный хищник Астраханской области. В небольшом количестве встречаются ласка, светлый хорек и перевязка – животное, занесенное в Международную Красную книгу и Красную книгу Российской Федерации.

Наряду с перевязкой ценнейшим представителем фауны млекопитающих полупустынного ландшафта заповедника является сайгак. Исторически сложившиеся пути миграции животного пролегают вдоль восточного побережья озера Баскунчак, мимо пресноводного озера Карасун, которое используется для водопоя.

Герпетофауна окрестностей озера Баскунчак и горы Большое Богдо достаточно разнообразна. Она включает большинство известных для этой природной зоны России видов: разноцветная и быстрая ящурки, круглоголовка-вертихвостка, желтобрюхий полоз, четырехполосый полоз, обыкновенный уж.

Гора Большое Богдо является единственной территорией в России и единственным местообитанием в Европе, где встречается пискливый геккончик, внесенный в Красную книгу Российской Федерации.

В заповеднике обитает около 200 видов птиц, из них 10 видов, внесенных в Красную книгу Российской Федерации, и 4 – внесенных в Красную книгу МСОП, два из которых гнездятся (орлан-белохвост и могильник), на пролете встречаются также кречетка и степной лунь. Через территорию заповедника проходит один из материковых миграционных путей хищных птиц (степного орла, кобчика, пустельги), а также воробьиных и околоводных птиц.